康熙三十五年(1696年)，清朝在昭莫多与厄鲁特蒙古准噶尔部作战。这场战斗是康熙皇帝在位期间唯一一次亲征，歼灭了噶尔丹的主力，历史上被称为“昭莫多之战”。厄鲁特蒙古四部分之一，住在今天的新疆西北部。噶尔丹本和清朝有频繁的马市场。清初，在平定国内叛乱的战争中，对战马的需求很高。为了发展当地的生产，噶尔丹非常热衷于与清朝的马市场。有一个“千人或千人连绵”的场景。然而，随着清朝的平定 “三藩之乱”、收复台湾省，对马的需求也减少了。因此，清政府下令限制马市的命令无疑是对加尔丹的重大打击。未经清朝同意，康熙二十三年(1684年)噶尔丹强行遣使入京，双方关系恶化。康熙27年(1688年)，噶尔丹入侵喀尔喀蒙古，在漠南与清朝发生激战。这场战斗双方都遭受了重大损失，未能分辨胜负，这是昭莫多战争的前奏。
康熙三十五年五月十三日(1696年)，清军与噶尔丹在昭莫多作战。昭莫多之战由两场战役组成:清军追击战和双方主力决战。此前，加尔丹的生计离开了蒙古各部门与清朝的关系。蒙古王宣布后，清廷将计，使蒙古各部门假装与加尔丹结盟，并借此机会派兵攻打加尔丹。不顾朝廷主和派的反对，康熙皇帝任命费扬古将军为征服厄鲁特军队前敌总指挥，“西路军，令其统领。康熙皇帝非常重视与加尔丹的战斗，随后他亲政加尔丹，分兵三路攻打加尔丹军。
康熙35年5月30日(1696年)，清朝西路军与失败的准噶尔但军队相遇，在昭莫多附近展开了正面战斗。此时，厄鲁特军队因连夜赶路而极度疲惫，路上粮食供应不足，战斗力较差，而清军则等待工作。最后，厄鲁特军队被击败，逃跑者要么被清军追杀，要么坠入悬崖致死。康熙三十六年(1697年)，在众叛亲离、进退无路的困境下，大部分噶尔丹部降清，服毒自杀。清军杀死厄鲁特军2000多人，俘获数百人，取得了巨大的胜利。
昭莫多之战以清军大胜告终。原因有很多。首先，双方的力量差距太大。昭莫多一役清军共派出75000多人，一般认为噶尔丹军人数只有56000人左右。二是双方在指挥上的差距，加尔丹没有注意到康熙皇帝率领部门亲征，于是匆匆应战。而清军在接近昭莫多的路上以逸待劳，主动出击，厄鲁特军慌忙逃跑。再一次与康熙皇帝的战略无关。当时朝廷主站人很少，但康熙可以不顾朝臣的反对，坚决派兵出征，怒斥进军途中建议撤退的大臣。与此同时，康熙知人善任，他任命费扬古为前敌总指挥，后者在作战指挥方面表现出了非凡的才华。