从16世纪末到17世纪初，锡伯族被满洲统治者征服，并被列入八旗蒙古和八旗满洲。100多年来，锡伯族人民从长期居住的地区分散到许多地区，被迫进行四次大迁徙：第一次是康熙31年（1692年），脱离科尔沁蒙古，被列入满洲八旗；第二次是康熙38-41年（1669-1702年），部分锡伯族进入盛京（今天的沈阳）；第三次是乾隆二十九年(1764年)，1016人被征调到新疆驻军，与2000多名随军家属一起。此后，锡伯族分居东北和西北。从此，锡伯族分居东北和西北。年轻人充当“披甲”，服役差，闲散附丁及其家属从事农副业生产。第四次是乾隆三十四年(1779年)，派出1000名锡伯士兵驻扎在云南要塞。八旗制度使锡伯族处于清朝的直接统治之下，经济生活和社会组织发生了巨大变化，从流动性大的渔猎经济向稳定的农业经济转变。
锡伯族勤劳勇敢，为祖国边疆的发展和保卫做出了贡献。锡伯族人民移居新疆，在伊犁、塔城、博尔塔拉地区的农田水利发展中发挥了重要作用。乾隆三十二年(1767年)，新疆锡伯族在伊犁河流域屯田驻守，被编成八个牛录(旗)。嘉庆七年(1802)，在锡伯营总管图尔根的支持下，经过艰苦奋斗，从察布查尔山口引水，从悬崖上挖了一条大运河，最终吸引了伊犁河灌溉良田。因此，它被命名为“察布查尔运河”，意思是“粮仓”。锡伯族人先后定居在大渠南北。随后，与八旗兵一起，在伊犁、博尔塔拉、塔城等地挖掘了一些运河，开垦了10多万亩良田，使当地一些兄弟民族学到了大量的农业生产知识和技术。
20世纪20年代，英殖民主义走狗张格尔披着宗教外衣，在南疆煽动叛乱。800多名锡伯营官兵应征与清军出师讨伐，在追歼残敌的喀尔铁盖山战役中，生擒张格尔。然后，他们英勇不屈地反抗伊犁地区的“苏丹汗国”和沙皇对伊犁殖民统治的斗争。1876年，清军收复新疆时，在喀尔莽总管的带领下，他们积极配合，为收复南疆和伊犁做出了贡献。
1911年辛亥革命爆发后，生活在新疆的锡伯族人民积极响应当地兄弟民族，但斗争果实被封建军阀杨增新、金树仁、盛世篡夺，锡伯族人民统治。1944年，国民党继续了盛世才的残酷统治。同年9月，伊犁、塔城、阿勒泰革命爆发。察布查尔锡伯族组成了锡伯独立骑兵连。塔城和霍城的锡伯族建立了武装队伍，与其他兄弟民族一起参加了革命，并进行了反对国民党统治的斗争。
1931年“九一八”事件发生后，生活在东北地区的锡伯族与汉、满等族人民一起进行了抗日斗争。辽宁省沈阳大五家子一带的锡伯族积极参加抗日联盟，多次狙击辽河平原敌人。在此期间，许多锡伯族青年参加了中国共产党。在中国共产党的领导下，随着解放战争的胜利，东北和新疆的锡伯族人民在1946年和1949年解放。
中华人民共和国成立后，锡伯族进入了民族平等、团结互助的新时代，享有与各民族平等的政治权利。1954年，实现了民族区域自治，在新疆原宁西县建立了察布查尔锡伯自治县，进行了一系列社会改革，走上了社会主义道路。