虽然黄宗羲是一位著名的思想家，但他的政治思想过于理想化。在明朝，他主张限制君权，设立总理。他从民本的角度攻击君主专制制度，是中国思想启蒙的第一人。他的政治理想主要集中在《明夷待访录》一书中。
限制君权
《明夷待访录》有13本书。这本书通过攻击家庭世界的专制君主制，向世界传达了光芒四射的民主精神，在当时黑暗的社会环境中极其珍贵。《原君》是《明夷待访录》的第一篇。
黄宗羲在一开始就阐述了人类建立君主的最初目的。他说，建立君主的最初目的是让世界受益和释放世界的伤害，也就是说，君主的产生是让君主承担抑制个人利益和促进公共利益的责任。对君主来说，他的义务是第一位的，权力是从属于义务后为履行义务服务的。君主只是天下的公仆，古人以天下为主，君为客，凡君毕生为经营者，也为天下。然而，后来的君主认为世界的利益出于我，我把世界的利益归于我自己，把世界的伤害归于人，更让世界的人不敢自私，不敢自利，把我的大私人作为世界的大公，把世界视为一个伟大的产业，把它传给后代，享受无尽（见原君）。君主家庭世界的行为从根本上否定了其合法性。
黄宗羲认为，要限制君主的权力，首先要明确君臣关系。他说：原夫作君，所以治天下。天下不能一人治之，则设官治之。是官员，分身之君也。本质上：臣之与君，名异而实，都是共同治理世界的人。所以君主不应该高高在上，处处独尊。我们应该尽我们应有的责任，利除害。否则，就应该逊位让贤，而不是鳃然怕后天下人不出于子孙。
至于做臣者，要明确自己是君之师友，而不是仆妾。我出来的时候也是为了世界，不是为了君也；为了万民，不是为了姓。如果你认为大臣是为君主设计的，只是以君为姓，以天下人为君囊中的私物，你的职责只是为君主做一只好看的狗，而忽略了斯民之水火，那么即使这样的人能辅君而兴，从君而亡，也不值得肯定。因为天下之治乱，不是一姓兴亡，而是万民之忧。这就是黄宗羲君臣观。它无疑是对传统君为臣纲、君要臣死，臣不得不死的封建纲常的有力冲击。
设立丞相
黄宗羲限制君权的另一个主张是设立丞相。他说:明之无善政，始于皇帝罢丞相。这是因为:
首先，古人君待臣也，臣拜，君必答拜，彼此平等。秦汉以后废而不谈。然而，丞相进入，天子御座，舆论为下，仍然保持着主客关系。现在除了宰相，没有人能和天子竞争。这样，天子就更高了，奴视臣僚，专断独行，为所欲为。
二是按照封建宗法制度的规定，天子传子，但天子不贤；在这种情况下，幸运的是，宰相传贤而不是传贤，足相补救。然而，在放弃宰相后，天子之子不贤，更不用说贤者了。这样，会给国家和人民带来无限的灾难。
第三，废除首相后成立的内阁大学士，其职责只是准备顾问，并按照皇帝的意愿回答章奏。内阁没有僚主义者，也没有权力机构。它的权力很轻，根本无法与前首相相比。内阁既没有实权，天子也不能或不愿意处理政治事务，所以它依靠一群凶猛的宫奴来统治，这就产生了明朝的宦官专权。
黄宗羲提出设宰相一人，参加若干政事，每天与其他大臣一起，在便殿与天子共同议政。章奏由天子批答，天子不能尽，宰相批之，下六部实施。更不用说呈前御前，转发阁中票拟；阁中又交前御后下衙门如故事往返，使大权自宫奴出也。此外，宰相设政事堂，下分若干房，分管天下平民事务；一切都不能达到。建立宰相是限制君权过度扩张的有效措施。但不是责任内阁制。因为皇帝仍然掌权，他仍然是国家元首。